基本方案1:堿裂解法制備粗制裂解物
01 實驗材料
02 實驗步驟
1)往5 ml的含選擇性試劑(通常是氨苄青黴素)的LB培養基或豐富培養基接種單菌落,于37℃劇烈振蕩培養過夜。
2)往2L燒瓶中加入 500 ml含有适當抗生素的LB培養基,然後加人1 ml過夜培養的大腸杆菌培養物,再于37℃培養至飽和狀态(OD600≈4),于4℃,6000 g 離心10 min。
注意:為提高産量,應采用表面積較大及帶折流闆的燒瓶以盡量增大通氣度﹔振搖速度應大于400r/min。
3)用4 ml GTE溶液重懸沉澱,并轉移到一個容積≥20 ml的高速離心管中。
4)加入1 ml新配的含25 mg/ml溶菌酶的GTE溶液(終濃度5 mg/ml),徹底重懸沉澱,于室溫放置10 min。
注意:如果 DNA要用層析法純化,加入50 ug/ml RNA酶A以降解RNA。
5)加人10 ml新配的NaOH/SDS溶液,并且輕輕混勻直至液體變得均一、清亮而黏稠。于冰上放置10 min。
6)加入7.5 ml 3 mol/L乙酸鉀溶液,用吸管輕輕攪拌直至黏稠度下降并形成大的沉澱,于冰上放置10 min。
7)于4℃,20 000 g離心10 min,将上清輕輕倒入至另一個幹淨的離心管中,如果有可見的漂浮物可用數層紗布過濾。
8)加入0.6倍體積的異丙醇,颠倒混勻,室溫放置5~10 min。
9)室溫,15 000 g 離心10 min。棄上清,加入2 ml 70%乙醇輕輕洗滌沉澱。
10)室溫,15 000 g短暫快速離心,吸去乙醇,并真空幹燥。4℃無限期保存。
基本方案2:氯化铯/溴化乙錠平衡離心法
01 實驗材料
02 實驗步驟
1)粗裂解物制備方案最後一步得到的沉澱溶于4 ml TE緩沖液中,加人4.4 g CsCl,溶解後,再加入0.4 ml 10 mg/ml溴化乙錠。
注意:溴化乙錠是一種誘變劑并能造成環境污染,操作時應戴手套,并且妥善處理。
2)将溶液轉入一個5 ml 的 quick-seal 快速封口的超離心管中,往管中加人1 g/ml CsCl/TE溶液,封好離心管。
3)于20℃,500 000 g 離心3.5 h或于20℃,以350 000 g 離心14 h 以上。
注意:必須在溫度不低于15℃下離心,這是為了防止對轉子和離心機的損壞以及潛在的嚴重的人員傷害。
4)小心地取出管子,從管的頂端插人一支20-G針頭,然後用帶另一20-G針頭的3 ml注射器将質粒帶吸出(針頭插入質粒帶下約1 cm)。
注意:為了防止紫外線對眼睛的嚴重損傷,應戴紫外防護眼鏡或面罩。操作溴化乙錠時要戴手套。
5)為了得到更高純度的質粒DNA,在新管中進行第二次超速離心,管頂加有含0.1mg/ml溴化乙錠的CsCl/TE緩沖液。
6)按質粒DNA/EB溶液的1.5~2倍體積裝 Dower AG50W-X8柱子,用數倍體積的TE/0.2 mol/L NaCl溶液清洗和平衡柱子。
7)用注射器将混合有溴化乙錠的質粒DNA溶液直接加到樹脂的頂部,注意不要搖動樹脂。立即收集流出液。
8)用2倍于上樣質粒溶液體積的0.2 mol/L NaCl /TE溶液洗脫柱子兩次,用同一管子收集流出液。也可以用等體積TE飽和的正丁醇來除去溴化乙錠。充分渦旋振蕩混勾,然後除去有機相,重複幾次直至在紫外燈下看不見紅色,然後加入3倍體積TE緩沖液來稀釋氯化铯。
注意:在本方法中産生的含有溴化乙錠的有機廢物應該妥善處理。
9)加入 2 倍體積100%乙醇于室溫或-20℃沉澱質粒DNA,于 4℃,以 10 000 g 離心10 min。沉澱 DNA時溫度不要低于-20℃,以免氯化铯沉澱下來。
10)沉澱用70%乙醇洗滌1遍,真空幹燥,溶解于TE緩沖液,并于4℃保存。
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