分子标記的概念有廣義和狹義之分。廣義的分子标記是指可遺傳的并可檢測的DNA序列或蛋白質。狹義分子标記是指能反映生物個體或種群間基因組中某種差異的特異性DNA片段。
分子标記,是以個體間遺傳物質内核苷酸序列變異為基礎的遺傳标記,是DNA水平遺傳多态性的直接的反映。與其他幾種遺傳标記,形态學标記、生物化學标記、細胞學标記相比,DNA分子标記具有的優越性有:大多數分子标記為共顯性,對隐性的性狀的選擇十分便利;基因組變異極其豐富,分子标記的數量幾乎是無限的;在生物發育的不同階段,不同組織的DNA都可用于标記分析;分子标記揭示來自DNA的變異;表現為中性,不影響目标性狀的表達,與不良性狀無連鎖;檢測手段簡單、迅速。随着分子生物學技術的發展,DNA分子标記技術已有數十種,廣泛應用于遺傳育種、基因組作圖、基因定位、物種親緣關系鑒别、基因庫構建、基因克隆等方面。
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