從廣義上講，尖銳濕疣病人在經過治療，消除了肉眼可見的疣體後半年至1年内，重新出現新生的疣組織，都可視為複發。
尖銳濕疣經治療後，疣體可完全消失，但複發率相當高。國内資料顯示，3個月内複發率為30％～60％；國外資料顯示，6個月内複發率為30％～70％。
尖銳濕疣的複發可以說是讓病人最頭痛的問題之一。從廣義上講，尖銳濕疣病人在經過治療，消除了肉眼可見的疣體後半年至1年内，重新出現新生的疣組織，都可視為複發。它包括三種情況：①鄰近或遠隔部位處事潛伏感染的皮損，因肉眼看不到而“逃避”了治療，以後逐漸生長成為可見的贅生物。②通過直接或間接的途徑再次感染，也包括自身接種者。③治療後皮損未能徹底消失，一段時間後又在原位形成新的皮損，即原位複發，這也是狹義上複發的概念。
人們對預防複發已有不少研究，但卻忽視了對心理因素的研究。事實上，很多尖銳濕疣是因為患者心理狀況不佳而複發。經調查發現，反複發作的尖銳濕疣患者有較明顯的抑郁、恐怖、焦慮等情緒。容易導緻複發的心理因素主要有：①長時間治療給患者肉體上和經濟上帶來雙重壓力。②尖銳濕疣通過性接觸傳染，往往造成夫妻性生活不協調，還有家人不理解、朋友不理睬等，使患者長期處于不良情緒體驗中。③有的患者伴有嚴重的食欲下降及睡眠障礙，對周圍的一切毫無興趣，終日神情恍惚，甚至有自殺傾向或行為。這些心理因素緻使機體抵抗力明顯下降，形成“複發一負性情緒體驗一抵抗力下降一複發”的惡性循環。
除心理因素外，尖銳濕疣複發還有下面這些原因：①亞臨床感染及潛伏感染的存在。②機體免疫功能低下。③性行為：據國外學者調查，累計性伴數以及5年内的總性伴數多的人，尖銳濕疣的發病率和複發率明顯較高。此外，還與首次性交年齡有關系，首次性交年齡小于19歲者，尖銳濕疣的複發率顯着增高。④妊娠期婦女：妊娠期感染的發展速度很快，皮損數量多且大，治療後複發率很高，産後則明顯消退，這可能與妊娠期體内雌激素水平升高有關。⑤包莖、包皮過長、局部有炎症、衛生條件差、多種性病病原體感染、吸煙、飲酒、嫖娼、賣淫、不使用避孕套等，都是尖銳濕疣複發的危險因素。
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